La Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale ha le sue origini nella Pontificia Facoltà Teologica di Milano eretta da Leone XIII il 15 Novembre 1892 nel Seminario Arcivescovile di Milano.
Nel 1935 fu trasferita a Venegono (Varese) e riconfermata da Pio XI il 7 Dicembre 1938, a norma della Costituzione Apostolica «Deus scientiarum Dominus».
L’iniziativa del trasferimento della Facoltà Teologica Milanese da Venegono a Milano fu presa dall’Arcivescovo di Milano Card. Giovanni Colombo con lettera indirizzata a Sua Santità Paolo VI in data 11 Luglio 1966, che ricevette piena approvazione da parte del Sommo Pontefice, con lettera autografa datata 7 Dicembre 1966.
Scopi del trasferimento furono: sottolineare e potenziare la finalità di istituto di ricerca scientifica, propria di una Facoltà Teologica; coinvolgere le altre Regioni dell’Italia Settentrionale al fine di costituire una Facoltà Teologica più ricca di docenti, di studiosi, di ricercatori e di mezzi di ricerca scientifica; instaurare un assiduo dialogo con gli altri Istituti universitari di ricerca e di studio; offrire ai laici una reale possibilità sia di conseguire i gradi accademici in Teologia, sia di tenere corsi accademici di Teologia.
La direzione della nuova Facoltà, con sede nei Chiostri annessi alla Basilica milanese di S. Simpliciano, è affidata all’Episcopato delle Regioni interessate.
Nell’anno accademico 1967-1968 ebbero inizio le lezioni del primo Ciclo di Specializzazione; nell’anno accademico 1968-1969 ebbero inizio le lezioni del Ciclo Istituzionale e nell’anno accademico 1973-1974 ebbero inizio le lezioni del secondo Ciclo di Specializzazione.
La Facoltà è stata eretta canonicamente il 7 Dicembre 1969 dalla Congregazione per l’Educazione Cattolica ed i suoi primi Statuti sono stati approvati «ad experimentum» dalla medesima Congregazione in data 18 Ottobre 1972; l’approvazione definitiva degli Statuti reca la data del 22 Febbraio 1993.
La Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale svolge la sua attività non solo nella Sede di Milano, ma anche, per quanto attiene il Ciclo di Specializzazione, presso la sede della Sezione Parallela di Torino e, per quanto attiene il Ciclo Istituzionale, nelle Sezioni Parallele erette nei Seminari diocesani di Genova, Milano (con sede Venegono) e Torino e negli Istituti Affiliati di Bergamo, Brescia, Como, Crema-Cremona-Lodi e Vigevano, Fossano, Novara e Mantova.
Inoltre sono collegati alla Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale gli Istituti Superiori di Scienze Religiose delle Regioni Conciliari Lombarda, Ligure e Piemontese.
Con l’Anno Accademico 2005-2006, la Regione Conciliare Triveneta ha costituito la Facoltà Teologica del Triveneto che si è staccata dalla Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale.
Il 4 agosto 2018, il Dicastero per la Cultura e l’Educazione ha accolto la richiesta di sospensione dell’affiliazione dello Studio Interdiocesano di Teologia di Alessandria.
L’11 luglio 2023, il Dicastero per la Cultura e l’Educazione ha accolto la richiesta di sospensione dell’affiliazione degli Istituti Teologici riuniti di Crema-Cremona-Lodi-Vigevano; Fossano; Como; così come ha accolto la richiesta di cessazione dell’affiliazione dell’Istituto teologico di Mantova.
Il 18 luglio 2023, il Dicastero per la Cultura e l’Educazione ha riclassificato la Sezione Parallela di Genova, erigendo il nuovo l’Istituto teologico affiliandolo alla Facoltà teologica dell’Italia Settentrionale.
La Facoltà Teologica si regge in conformità con la legislazione della Chiesa quale è concretata nella Costituzione Apostolica «Veritatis Gaudium» e Norme Applicative.
Con Decreto del Presidente della Repubblica n. 93 del 24-1-1978 (pubblicato sulla G.U. n. 100 del 12-4-1978) è stata riconosciuta la personalità giuridica della Fondazione di culto e religione denominata «Facoltà Teologica dell’Italia Settentrionale».
In data 08.03.2017 la Prefettura di Milano ha iscritto al n. 149 del Registro delle Persone Giuridiche il nuovo Statuto adottato dall’Arcivescovo di Milano, Card. Angelo Scola, con D.A. prot. gen. 340 del 22 Febbraio 2017.