Il Fondo Carlo Colombo, collocato presso l’Archivio della Facoltà Teologica, custodisce le carte personali di Mons. Carlo Colombo, la cui rilevanza storica è legata alla sua riflessione teologica, al contributo dato alla Chiesa come membro della Commissione teologica preparatoria del concilio ecumenico Vaticano II, poi come perito conciliare e teologo personale di papa Paolo VI. Non da ultimo, fu primo Preside della Facoltà Teologica.
Finora sono state catalogate la maggior parte delle carte relative al concilio; vi si trovano anche molti documenti del postconcilio e quelli di carattere più strettamente personale.
Nel 2011 è iniziato un progetto, inizialmente finanziato dalla Fondazione Cariplo, che prevede la catalogazione di nuovo materiale archivistico. Oltre ad alcune carte ancora relative al concilio Vaticano II, vi si trova la gran parte dei documenti di Carlo Colombo appartenenti al periodo postconciliare. Essi riguardano principalmente le sue attività istituzionali e didattiche.